Если вы все же решили остановить свой выбор на файловой системе NTFS, то храните свои документы и дистрибутивы программ, а также другие необходимые для работы вещи, на другом логическом диске, чтобы их можно было использовать и при работе через другие операционные системы.
На данном рисунке я выбрал файловую систему FAT16, но я ОЧЕНЬ рекомендую остановить свой выбор на файловой системе NTFS.