К таким повреждениям может привести ряд факторов. Например, на компьютерах х86 прерывание BIOS INT 13 часто используется вирусами для самоинсталляции. Windows 2000 перехватывает прерывания INT 13, но только в том случае, когда она уже загрузилась. Если компьютер загрузить с помощью системной дискеты MS-DOS, а также в том случае, когда система с двойной загрузкой загружается под управлением MS-DOS, Windows NT/2000 не может защитить себя от такой угрозы. В Microsoft Knowledge Base есть ряд статей с рекомендациями по защите компьютера от вирусов и описанием методов восстановления системы, поврежденной вирусами.
Если проблема возникает уже после появления меню загрузчика и выбора в нем Windows 2000, то причина может быть в том, что файлы, необходимые для загрузки операционной системы, отсутствуют или повреждены.
В случае инсталляции новых физических устройств или новых драйверов причиной проблем с загрузкой системы могут быть изменение конфигурации системы и ее несовместимость с этими устройствами или драйверами.