Вместе с аппаратными новинками компания Apple представила ряд программных обновлений своих устройств - iOS 9.3, Mac OS X 10.11.4, watchOS 2.2 и tvOS 9.2. iOS 9.3 уже несколько месяцев была доступна в виде бета-версии, включая в себя наибольшее по сравнению с другими системами компании обновлений. Появился новый режим Night Shift, в тёмное время суток регулирующий цветовую температуру экрана. Датчик Touch ID теперь защищает записки пользователей, для образовательных учреждений доступен многопользовательский режим, приложение Health обрабатывает ещё больше данных, исправлены ряд багов.
OS X 10.11.4 включает в себя просмотр Live Photo в приложениях Фотографии и Сообщения, поддержку паролей для отдельных записей в приложении Notes и исправление багов. watchOS 2.2 поддерживает разные модели смарт-часов Apple Watch, упрощая переключение между ними. Обновлено приложение Карты, повышена интуитивность работы с ним и улучшено отображение близлежащих мест.
tvOS 9.2 приносит голосовую поддержку в пульт Siri Remote и поддержку Bluetooth-клавиатур. Приложения можно помещать в папки, через Apple TV можно смотреть библиотеки iCloud Photo Libraries.
Все обновления уже доступны для установки на соответствующие устройства.